Höhlenbäume des Schwarzspechtes ausfindig zu machen und zu markieren ist die Hauptaufgabe eines sinnvollen Höhlenbaumschutzes. Er kommt vor allem den bedrohten „Nachmietern“ des Schwarzspechtes zu Gute. Die so genannten Biotopbäume werden trotz ihres rechtlichen Status immer wieder übersehen und versehentlich gefällt. Umso bedeutender ist es also, Höhlenbäume kenntlich zu machen.
Daher widmete die Deutsche Wildtier Stiftung den Markierungssystemen für Schwarzspecht-Höhlen ein eigenes Forschungsprojekt. In einer gemeinsamen Studie mit dem Naturpark Nossentiner/Schwinzer Heide aus dem Jahr 2007 evaluierten die Kooperationspartner die derzeit in Deutschland verwendeten Systeme zur Kennzeichnung von Habitatbäumen. Hierzu wurden insgesamt 270 Akteure aus den Bereichen Forstwirtschaft, Gartenbau sowie Baum- und Naturschutz über ihre Markierungspraxis befragt. Im Mittelpunkt des Interesses standen die Anforderungen, die ein Langzeitmarkierungssystem leisten soll. 2008 veröffentlichte die Deutsche Ornithologische Gesellschaft die Ergebnisse dieser Studie.
In den Jahren 2004 bis 2007 förderte die Deutsche Wildtier Stiftung ein Projekt zur Untersuchung der Populationsökologie des Schwarzspechtes. Ziel der von Volker Günther durchgeführten Studie war es, neue Erkenntnisse über Verbreitung und Vorkommensdichte, sowie seine Schlüsselposition im Ökosystem Wald zu erhalten. In den Untersuchungswäldern dominierten zum einen Kiefern im Naturpark Nossentiner/Schwinzer Heide und zum anderen alte Laubbäume im stiftungseigenen Forstbetrieb des Gutes Klepelshagen. So konnte ein breites Spektrum der für den Schwarzspecht geeigneten Lebensräume erforscht werden. Kernstück der Erhebung war die jährliche Dokumentation der Höhlenbauaktivitäten und die Erfassung der Nachnutzer.
1997 initiierte die Deutsche Wildtier Stiftung eine zehnjährige Langzeitforschung in Baden-Württemberg. Ausgangspunkt der wissenschaftlichen Erhebung war eine Untersuchung im östlichen Schurwald zur herausragenden Rolle des Schwarzspechtes im Ökosystem Wald. Zu Beginn dieser Arbeit wurden in einem 1.800 Hektar großen Waldgebiet 33 Schwarzspecht-Höhlenbäume und ihre Bewohner untersucht. Zehn Jahre später wiederholte der Schwarzspecht-Experte Luis Sikora die Beobachtungen. So konnten umfassende Erkenntnisse über die Veränderungen an den Höhlen und ihren Bäumen dokumentiert werden.
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